Трудовую деятельность Василий Стефанович Филипенко начал в 1973 г. главным зоотехником в Речицком сельскохозяйственном техникуме, затем в совхозе «Молотковичи» Пинского района (до 1976 года).
В 1985 год закончил аспирантуру Всесоюзного научно-исследовательского института экономики сельского хозяйства в Москве завершается с защитой кандидатской диссертации на тему «Резервы повышения экономической эффективности кормопроизводства в межхозяйственных формированиях (на материалах Белорусского Полесья)» и присвоением ученой степени кандидата экономических наук.
В.С. Филиппенко автор более 170 научных работ, в том числе 6 монографий, 7 учебно-методических пособий, 5 рекомендаций.
В разные годы являлся научным руководителем и ответственным исполнителем Государственных программ и научных тем (более 25) по вопросам совершенствования экономического механизма агропромышленного комплекса и природопользования.
За успехи в научно-педагогической деятельности, личный вклад в развитие науки и подготовку высококвалифицированных специалистов В.С. Филиппенко награжден Грамотой Министерства образования Республики Беларусь, дипломом Специального фонда Президента Республики Беларусь по поддержке одарённых учащихся и студентов, грамотами Пинского горисполкома и администрации ПолесГУ и др.
С 1 сентября 2010 года и по настоящее время работает доцентом кафедры экономики и бизнеса в ПолесГУ.